Masjid Besi mempunyai keistimewaan yang tersendiri antaranya tiada pemasangan kipas kekal ataupun alat penyaman udara di dalamnya, sebaliknya menggunakan gas penyejuk (gas district cooling atau GDC). Selain itu, masjid ini turut menggunakan Seni Bina Jaringan Wayar (Architectual Wire Mesh) atau Anyaman Masyrabiah yang diimport dari Jerman dan China (turut dipasang pada Stadium Santiago Bernabéu di Madrid dan perpustakaan negara Perancis yang dikenali Bibliothèque nationale de France yang terletak di Paris). Pintu gerbang masuk juga menggunakan konkrit bertetulang kaca (GRC) bagi mempertingkat integriti sesebuah struktur serta kaca hablur bagi menjadikan masjid kelihatan berwarna putih dari jauh.

Dari arah kompleks kerajaan, perjalanan menuju ke masjid akan menyeberangi sebuah jejantas yang menghubungkan Dataran Putrajaya ke kawasan masjid ini yang dikenali sebagai Kiblat Walk seluas 13,639 m². Jejantas ini dihiasi dengan kolam air seolah-olah berada di kawasan kota istana purba Alhambra. Hiasan dalamannya dilatari ukiran Asmaul Husna menggunakan tulisan kaligrafi daripada jenis Khat Thuluth. Pintu utama menuju ke ruang solat utama terukir ayat suci al-Quran daripada Surah Al-Israa’ ayat ke-80.[3]

Ini ditambah lagi dengan pembinaan dinding mihrab yang diperbuat daripada panel kaca setinggi kira-kira 13 m juga diimport dari Jerman yang terukir 2 baris ayat dari Surah Al-Baqarah pada bahagian kanan dan Surah Ibrahim di sebelah kiri. Uniknya, dinding mihrab ini tidak memantulkan kesan dari pancaran sebarang cahaya atau lampu menjadikan ukiran kaligrafi ayat suci berkenaan yang berwarna keemasan itu kelihatan jelas dan seolah-olah terapung di udara. Bahagian tepi bumbungnya sepanjang 40 kaki pula mampu mengelakkan jemaah yang bersolat di luar dewan solat utama terkena tempias hujan.[4]